A Gengis Khan non importava dell'Islam, o di qualsiasi altra religione. Le credenze religiose delle persone non contavano nulla per lui. Ciò che gli importava era se si sarebbero sottomessi al suo governo o si sarebbero opposti con la forza alle sue conquiste.
In un certo senso, l'Impero mongolo fu quindi la prima grande entità a praticare la libertà di religione. Non c'era proselitismo verso i popoli conquistati, non c'erano inquisizioni per sradicare altre religioni. Musulmani, taoisti, indù, cristiani, chiunque fossero, avevano tutti un posto sotto il dominio dei Khan. Finché noniniziavano a resistere, ovviamente. La resistenza tendeva a portare a sfortunati effetti collaterali come massacri su larga scala.